La baie qui est un peu le « coeur » du Parc national est aussi très appréciée des flamants roses et des dauphins.Le parc National de Baie de Baly est un des merveilles qui se trouve dans la région de Majunga à 150 km au Sud-ouest de Mahajanga, Sa superficie officielle est de 57.418 ha et s'étend sur la bordure du canal de Mozambique.
La grande baie de Baly constitue le cœur du Parc. D'après le bilan faunistique global de l'inventaire dans le Parc National de Baie de Baly faites dans ce parc dernièrement il y a : 6 espèces de lémuriens, 122 espèces d'oiseaux recensées dans ce parc dont 55 oiseaux d’eau ont été enregistrés dans le parc.86% des espèces de grands oiseaux d’eaux nichant en colonie de Madagascar vivent dans la baie.En effet, le parc est un site de nidification des oiseaux d’eaux. Mais c’est la tortue Astrochelys yniphora qui est la mascotte de Baie de Baly.

Enfin, le parc abrite trois espèces de lémuriens diurnes et cinq espèces nocturnes.On peut trouver des animaux incroyable dans le parc Nationale de Baly comme la Tortue à soc«L’Angonoka ou Astrochelys yniphora 3 qui est l'animal le plus emblématique de Baly on peut facilement le connaître par son plastron muni d’une proéminence antérieure

A part le Tortue , l’Aigle pêcheur de Madagascar ou Haliaeetus vociferoides, de son nom malgache Ankoay est un rapace endémique de Madagascar. C’est la seule espèce de rapace diurne dans la grande île Vient ensuite les gentils lémuriens connus sous le nom de Bemosary et le plus c'est qu'on les trouve dans le parc de la Baie de Baly toute l’année.